Trường ĐH CNTT&TT được Bộ giáo dục cho phép đào tạo tiến sĩ chuyên ngành Khoa học máy tính. Mục tiêu đào tạo trình độ tiến sĩ là đào tạo những nhà khoa học, có trình độ cao về lý thuyết và năng lực thực hành phù hợp, có khả năng nghiên cứu độc lập, sáng tạo, phát hiện và giải quyết được những vấn đề mới có ý nghĩa về khoa học, công nghệ và có khả năng hướng dẫn nghiên cứu khoa học.

Thời gian đào tạo trình độ tiến sĩ đối với người có bằng thạc sĩ cùng ngành là ba năm tập trung; đối với người chỉ có bằng đại học cùng ngành là bốn năm tập trung. Trường hợp đặc biệt có thể thời gian đào tạo khác, nhưng tổng thời gian phải đủ như quy định trên, trong đó phải có thời gian ít nhất 12 tháng tập trung liên tục tại đơn vị đào tạo để thực hiện luận án